Thời gian gần đây, các nhà sản xuất phân bón lớn đang có kiến nghị gửi các cơ quan chức năng xin xếp phân bón vào nhóm hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế GTGT với thuế suất 0% để tiếp tục được hoàn lại toàn bộ thuế GTGT đầu vào. Bên cạnh tình trạng dư cung đã kéo dài các năm qua, ngành phân bón năm 2015 còn bị ảnh hưởng tiêu cực bởi yếu tố chính sách.

Ngày 4/12/2014, Bộ Tài chính ban hành Công văn số 17709/BTC-TCT đề nghị các cơ quan liên quan triển khai đến các doanh nghiệp, hộ kinh doanh nội dung mới về thuế giá trị gia tăng (VAT) được áp dụng từ ngày 01/01/2015. Một trong những thay đổi quan trọng của Công văn này việc chuyển mặt hàng phân bón được từ danh mục chịu thuế VAT 5% sang danh mục không chịu thuế VAT.

Điểm chung giữa thuế VAT 0% và không đánh thuế VAT là doanh nghiệp không phải thực hiện nộp thuế. Tuy nhiên, điểm khác biệt cơ bản là, nếu thuộc khung thuế suất VAT 0%, doanh nghiệp vẫn là đối tượng chịu thuế nên phải kê khai thuế VAT đầu ra và được hoàn thuế VAT đầu vào. Như vậy, nếu thuộc đối tượng không chịu thuế VAT thì doanh nghiệp bán phân bón trong nước cũng không được hoàn thuế GTGT đầu vào. Ngược lại, doanh nghiệp xuất khẩu phân bón (chịu thuế suất 0%) vẫn được hoàn thuế GTGT đầu vào.

Đại diện một số doanh nghiệp phân bón, chính sách này sẽ tác động tiêu cực đến lợi nhuận của các doanh nghiệp. Theo chuyên viên ngành của RongViet Research đánh giá các doanh nghiệp phân bón sẽ chịu 3 tác động lớn. Thứ nhất, doanh nghiệp không còn được hoàn thuế VAT đầu vào, vì thế giá thành sản xuất có thể tăng lên. Thứ hai, hiện tổng mức đối với thuế phân bón nhập khẩu phổ biến là 11%, trong đó 6% là thuế NK và 5% là thuế GTGT, sau khi miễn thuế GTGT thuế NK phân bón chỉ còn 6%; như vậy, cạnh tranh giữa phân bón sản xuất trong nước và phân nhập khẩu sẽ gia tăng. Thứ ba, đối với các dự án đầu tư, các doanh nghiệp sẽ không còn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi mua sắm vật tư, thiết bị…, dẫn đến việc chi phí đầu tư tăng thêm trong khi hiệu quả kinh tế dự án giảm đi. Có thể nói tình hình của ngành phân bón là một lời nhắc nhở về rủi ro từ chính sách đến hoạt động của các doanh nghiệp.